UU Innovation

Nyckeln till effektiv smittspårning

Med den senaste DNA-tekniken kan sjukdomsutbrott spåras långt effektivare än tidigare. Men då krävs ökad kunskap och samarbete mellan myndigheter, sjukvården och forskare. Det konstaterar slutrapporten från SciLifeLab, Uppsala universitet och Statens veterinärmedicinska anstalt, SVA, som, med finansiering genom VFS, kartlagt den nationella beredskapen för smittspårning.

Den nya tekniken kallas Next Generation Sequencing (NGS) eller massiv parallellsekvensering. Som ett av Europas största center för just NGS-teknik skulle SciLifeLab kunna bidra till effektivare smittspårning. Det var den vetskapen som fick Maria Sörby, tidigare föreståndare för administrativt centrum för SciLifeLab i Uppsala att ta initiativet till projektet Samverkan för effektiv smittspårning. Tillsammans med Jens Mattsson, generaldirektör för SVA, ansökte hon om finansiering inom ramen för programmet Verifiering för samverkan (VFS). Projektet beviljades finansiering och i juni släpptes slutrapporten.

– Jag är glad att projektet kan bidra till en bättre samordning av den nationella beredskapen för sjukdomsutbrott. Det är viktigt, inte minst för att motverka spridning av antibiotikaresistenta bakterier, säger Maria Sörby.

Genom enkäter, intervjuer och en workshop har projektet samlat information från smittskyddsorganisationer, kliniska laboratorier, myndigheter och faciliteter vid SciLifeLab.

– Vi har fått många positiva reaktioner från läkare som sett vad tekniken kan uträtta och hur vi kan jobba bättre tillsammans, säger Maria Sörby.

Pålitligare bevis

För att hindra utbrott av smittsamma sjukdomar och minimera skadan de kan orsaka gäller det att snabbt undersöka smittämnets egenskaper när det dyker upp. Det är viktigt för att hitta smittkällan och upptänka hur smittan sprids mellan människor, i livsmedelskedjan eller från djur till människor.

Fram till nyligen har smittspårningen skett med hjälp av genetiska markörer i bakteriens DNA, ett slags bakteriellt ”fingeravtryck”. Med den nya tekniken sekvenseras i stället allt DNA.

– NGS kan analysera en bakteries totala arvsmassa. Det ger bättre upplösning på ”fingeravtrycken”, vi kan se skillnad på närbesläktade bakterier inom en art vilket ger säkrare svar som kan bevisa eller dementera ett utbrott, säger Robert Söderlund, forskare på SVA och projektledare.

Han lyfter också fram en annan fördel med tekniken och analysresultaten; informationen kan återanvändas av fler.

– Om vi tidigare hittade en ny bakterie och ville jämföra med en annan fick vi ofta göra om analysen för både det gamla och nya provet. Nu kan vi spara sekvenseringen från bakterierna och bygga upp en databas över tid som kan användas för att jämföra med utbrott i framtiden och komma alla till nytta.

Livsviktigt samarbete

I projektets slutrapport konstateras att kunskapsöverföring och utbildning om hur NGS kan användas för smittspårning är viktigt för att tekniken ska kunna bidra till effektivare kontroll av smittsjukdomar.  Vidare säger rapporten att det nationella och internationella samarbetet för att dela NGS-data behöver förbättras, liksom förståelsen av hur denna data ska tolkas, till exempel vid utbrott.

Om projektet
Projektet Samverkan för effektiv smittspårning har pågått 2015-2016 med medel från det Vinnovafinansierade programmet Verifiering för samverkan vid Uppsala universitet. Det har bedrivits i samarbete mellan SciLifeLab och Statens veterinärmedicinska anstalt, SVA. Projektets styr- och referensgrupper har inkluderat representanter från Livsmedelsverket, Folkhälsomyndigheten, Smittskyddsläkarföreningen, Jordbruksverket, Sveriges kommuner och landsting, SciLifeLab och SVA.

Ladda ner projektrapporten här.