UU Innovation

Samverkan för effektiv smittspårning

2016-06-29

SciLifeLab och Statens veterinärmedicinska anstalt, SVA har i ett gemensamt projekt lagt grunden för ökad nationell samverkan kring ny teknik för smittspårning.

Med stöd av toppmodern DNA-teknik kan smitta spåras långt effektivare än tidigare. Men då krävs samarbete över organisationsgränser och ökad kunskap. Det konstaterar en färsk rapport från SciLifeLab, Uppsala universitet och Statens veterinärmedicinska anstalt, som kartlagt den nationella beredskapen för smittspårning.

Den nya tekniken kallas Next Generation Sequencing (NGS) eller massiv parallellsekvensering.

– NGS kan analysera en bakteries totala arvsmassa. Det betyder att vi kan få säkrare analyssvar, berättar Robert Söderlund, forskare på Statens veterinärmedicinska anstalt (SVA) och projektledare.

När ett utbrott av till exempel Ehec-smitta slår till är det viktigt att snabbt hitta källan. Epidemiologer lägger pussel och försöker hitta var smittan kommer ifrån. Livsmedelsverket och SVA analyserar prover från den misstänkta smittkällan och jämför sedan med den drabbade patientens bakterier som analyseras på sjukhus eller hos Folkhälsomyndigheten.

Processen kallas typning och har hittills använt genetiska markörer i bakteriens DNA, ett slags bakteriellt ”fingeravtryck”. Med den nya tekniken sekvenseras i stället allt DNA.

– Det ger bättre upplösning på ”fingeravtrycken”, vi kan se skillnad på närbesläktade bakterier inom en art vilket ger säkrare svar som kan bevisa eller dementera ett utbrott, säger Robert Söderlund.

Han lyfter också fram en annan fördel med tekniken och analysresultaten; informationen kan återanvändas av fler.

– Om vi tidigare hittade en ny bakterie och ville jämföra med en annan fick vi ofta göra om analysen för både det gamla och nya provet. Nu kan vi spara sekvenseringen från bakterierna och bygga upp en databas över tid som kan komma alla till nytta.

Livsviktigt samarbete

SciLifeLab är ett av Europas största center för NGS-teknik. Maria Sörby, föreståndare för administrativt centrum för SciLifeLab i Uppsala, såg att den kunskapen kunde gagna myndigheter, laboratorier och sjukvård som arbetar med smittspårning. Tillsammans med Jens Mattsson, generaldirektör för SVA, ansökte hon om projektfinansiering inom ramen för Uppsala universitets program Verifiering för samverkan (VFS). I projektet ingick kartläggning, analys och en workshop riktad mot läkare.

– Vi har fått många positiva reaktioner från läkare som sett vad tekniken kan uträtta och hur vi kan samarbeta bättre, säger Maria Sörby.

Hon är glad att projektet kan bidra till att effektivisera den nationella beredskapen för utbrott av olika slag där många parter är involverade. Bland annat för att motverka spridning av antibiotikaresistenta bakterier.

– Pengarna från VFS-programmet gjorde detta samverkansprojekt möjligt. Utan dem hade det varit svårt att göra denna kartläggning. Nu ser vi början på ett nationellt nätverk som kan arbeta vidare med NGS-tekniken, säger Maria Sörby. 

Rapporten ger tre rekommendationer:

  • Det behövs mer kunskapsöverföring och utbildning om NGS för smittspårning, här kan SciLifeLab bidra på olika sätt.
  • Svenska aktörer behöver ha tekniska och avtalsmässiga möjligheter att dela NGS-data med varandra och helst också med aktörer i andra länder.
  • Myndigheter, sjukvård och alla andra aktörer som använder sig av tekniken, behöver utveckla en samsyn kring hur NGS-data ska tolkas i olika situationer, till exempel vid utbrott.

Ta del av hela rapporten på SciLifeLabs hemsida.

Om projektet:
Projektet har pågått 2015-2016 med medel från Uppsala universitets Vinnova-finansierade program Verifiering för samverkan, och bedrivits i samverkan mellan SciLifeLab och Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA). Projektets styr- och referensgrupper har inkluderat representanter från Livsmedelsverket, Folkhälsomyndigheten, Smittskyddsläkarföreningen, Jordbruksverket, Sveriges Kommuner och Landsting, SciLifeLab och SVA.